Zajednica instituta Srbije osnovana je 13. aprila 1990. godine, kao sledbenik Stalne konferencije naučnoistraživačkih organizacija. Osnov za formiranje Zajednice bio je sadržan u članu 4. Zakona o naučnoistraživačkoj delatnosti (Službeni glasnik SR Srbije 12/90). Tada je potpisan Sporazum o osnivanju Zajednice od strane 122 ovlašćena predstavnika instituta i istraživačko-razvojnih jedinica.

Za prvog predsednika Skupštine Zajednice na osnivačkoj sednici izabran je prof. dr Tomislav Popović, direktor Instituta ekonomskih nauka, koji je u dva mandata rukovodio Zajednicom. U to vreme Zajednica je aktivno učestvovala u izradi Zakona o naučnoistraživačkoj delatnosti, pružanju stručnih konsultacija svojim članovima i redovno je izdavala Bilten koji se bavio analizom finansijskih rezultata instituta i raspodelom sredstava. Uloga i značaj Zajednice bili su posebno izraženi u vreme Republičkog fonda za nauku Srbije, kada je Zajednica aktivno sarađivala sa Savetom fonda.

Od kraja 1999. do 2001. godine Zajednicom je rukovodio potpredsednik dr Miodrag Stojić iz Instituta za nuklearne nauke „Vinča“.

Posle izbora dr Zorana Petrovića za predsednika, Zajednica od 2002. godine sve aktivnije radi na ostvarenju svojih zakonskih i statutarnih ciljeva i ostvaruje sve bolju saradnju sa ministarstvom nadležnim za nauku.

Potpredsednik dr Bojan Radak iz Instituta za nuklearne nauke  „Vinča“ predsedavao je Zajednicom od sredine 2015. godine do početka 2016. godine, kada je za predsednika izabran dr Duško Blagojević iz Instituta za biološka istraživanja „Siniša Stanković“.

Danas je rad Zajednice, pre svega, regulisan članom 28. Zakona o nauci i istraživanjima, u skladu sa kojim zakonom Zajednica ima značajnu ulogu u uređivanju naučnog ambijenta u Srbiji.